MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydia psittaci GR9 chromosome

Total Repeats: 21508

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018620	CGA	2	6	170	175	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	407454813
2	NC_018620	AGA	2	6	188	193	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	407454813
3	NC_018620	CTT	2	6	225	230	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	407454813
4	NC_018620	T	7	7	256	262	0 %	100 %	0 %	0 %	407454813
5	NC_018620	AAGG	2	8	266	273	50 %	0 %	50 %	0 %	407454813
6	NC_018620	A	6	6	274	279	100 %	0 %	0 %	0 %	407454813
7	NC_018620	GT	3	6	309	314	0 %	50 %	50 %	0 %	407454813
8	NC_018620	TCT	2	6	331	336	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	407454813
9	NC_018620	A	7	7	478	484	100 %	0 %	0 %	0 %	407454813
10	NC_018620	TG	3	6	498	503	0 %	50 %	50 %	0 %	407454813
11	NC_018620	TAT	2	6	553	558	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407454813
12	NC_018620	ATG	2	6	579	584	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407454813
13	NC_018620	GCGT	2	8	588	595	0 %	25 %	50 %	25 %	407454813
14	NC_018620	TGT	2	6	640	645	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	407454813
15	NC_018620	ATG	2	6	659	664	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407454813
16	NC_018620	TC	3	6	727	732	0 %	50 %	0 %	50 %	407454813
17	NC_018620	ACA	2	6	950	955	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	407454813
18	NC_018620	AGC	2	6	964	969	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	407454813
19	NC_018620	GTG	2	6	981	986	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	407454813
20	NC_018620	AGC	3	9	1000	1008	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	407454813
21	NC_018620	CTA	2	6	1011	1016	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	407454813
22	NC_018620	GGT	2	6	1020	1025	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	407454813
23	NC_018620	CTT	2	6	1128	1133	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	407454813
24	NC_018620	CTT	2	6	1225	1230	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	407454814
25	NC_018620	AC	3	6	1295	1300	50 %	0 %	0 %	50 %	407454814
26	NC_018620	TTAA	2	8	1353	1360	50 %	50 %	0 %	0 %	407454814
27	NC_018620	ACA	2	6	1365	1370	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	407454814
28	NC_018620	ATG	2	6	1413	1418	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407454814
29	NC_018620	GT	3	6	1461	1466	0 %	50 %	50 %	0 %	407454814
30	NC_018620	TTA	2	6	1512	1517	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407454814
31	NC_018620	TAG	2	6	1576	1581	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407454814
32	NC_018620	TC	3	6	1584	1589	0 %	50 %	0 %	50 %	407454814
33	NC_018620	TAG	2	6	1714	1719	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407454814
34	NC_018620	CTA	2	6	1768	1773	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	407454814
35	NC_018620	TTC	2	6	1789	1794	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	407454814
36	NC_018620	TG	3	6	1888	1893	0 %	50 %	50 %	0 %	407454814
37	NC_018620	ATA	2	6	1989	1994	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	407454814
38	NC_018620	CTT	2	6	2056	2061	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	407454814
39	NC_018620	GAA	2	6	2067	2072	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	407454814
40	NC_018620	TGA	2	6	2128	2133	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407454814
41	NC_018620	GAT	2	6	2146	2151	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407454814
42	NC_018620	GTT	2	6	2182	2187	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	407454814
43	NC_018620	CTT	2	6	2206	2211	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	407454814
44	NC_018620	T	6	6	2210	2215	0 %	100 %	0 %	0 %	407454814
45	NC_018620	T	8	8	2289	2296	0 %	100 %	0 %	0 %	407454814
46	NC_018620	TAA	2	6	2368	2373	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	407454814
47	NC_018620	GAA	2	6	2415	2420	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	407454814
48	NC_018620	AGAT	2	8	2543	2550	50 %	25 %	25 %	0 %	407454814
49	NC_018620	T	8	8	2617	2624	0 %	100 %	0 %	0 %	407454815
50	NC_018620	T	8	8	2629	2636	0 %	100 %	0 %	0 %	407454815
51	NC_018620	AGT	2	6	2643	2648	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407454815
52	NC_018620	TTA	2	6	2656	2661	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407454815
53	NC_018620	TCC	2	6	2685	2690	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	407454815
54	NC_018620	T	6	6	2730	2735	0 %	100 %	0 %	0 %	407454815
55	NC_018620	TTC	2	6	2778	2783	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	407454815
56	NC_018620	GA	3	6	2786	2791	50 %	0 %	50 %	0 %	407454815
57	NC_018620	TTA	2	6	2803	2808	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407454815
58	NC_018620	TGTT	2	8	2841	2848	0 %	75 %	25 %	0 %	407454815
59	NC_018620	T	6	6	2885	2890	0 %	100 %	0 %	0 %	407454815
60	NC_018620	T	6	6	2897	2902	0 %	100 %	0 %	0 %	407454815
61	NC_018620	AGA	2	6	2934	2939	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	407454815
62	NC_018620	GAAG	2	8	2952	2959	50 %	0 %	50 %	0 %	407454815
63	NC_018620	TAT	2	6	2972	2977	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407454815
64	NC_018620	TAT	2	6	3006	3011	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407454815
65	NC_018620	T	6	6	3011	3016	0 %	100 %	0 %	0 %	407454815
66	NC_018620	GAA	2	6	3217	3222	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	407454816
67	NC_018620	TTTG	2	8	3300	3307	0 %	75 %	25 %	0 %	407454816
68	NC_018620	TCCT	2	8	3326	3333	0 %	50 %	0 %	50 %	407454816
69	NC_018620	GA	3	6	3340	3345	50 %	0 %	50 %	0 %	407454816
70	NC_018620	GAAAA	2	10	3356	3365	80 %	0 %	20 %	0 %	407454816
71	NC_018620	ATG	2	6	3422	3427	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407454816
72	NC_018620	TGGT	2	8	3491	3498	0 %	50 %	50 %	0 %	407454816
73	NC_018620	CTT	2	6	3543	3548	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	407454816
74	NC_018620	CAA	2	6	3628	3633	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	407454816
75	NC_018620	ATC	2	6	3779	3784	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	407454816
76	NC_018620	TGG	2	6	3892	3897	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	407454816
77	NC_018620	AAG	2	6	3919	3924	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	407454816
78	NC_018620	AGA	2	6	4143	4148	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	407454816
79	NC_018620	T	6	6	4191	4196	0 %	100 %	0 %	0 %	407454816
80	NC_018620	TAA	2	6	4209	4214	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	407454816
81	NC_018620	AT	3	6	4227	4232	50 %	50 %	0 %	0 %	407454816
82	NC_018620	GAA	2	6	4246	4251	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	407454816
83	NC_018620	AGC	2	6	4284	4289	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	407454816
84	NC_018620	TAA	2	6	4313	4318	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	407454816
85	NC_018620	AGGAG	2	10	4413	4422	40 %	0 %	60 %	0 %	407454816
86	NC_018620	AGA	2	6	4433	4438	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	407454816
87	NC_018620	CTT	2	6	4450	4455	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	407454816
88	NC_018620	ATG	2	6	4474	4479	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407454816
89	NC_018620	GAT	2	6	4525	4530	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407454816
90	NC_018620	GCT	2	6	4579	4584	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	407454816
91	NC_018620	CT	3	6	4729	4734	0 %	50 %	0 %	50 %	407454816
92	NC_018620	GAA	2	6	4809	4814	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	407454816
93	NC_018620	CTGTGG	2	12	4820	4831	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	407454816
94	NC_018620	AAG	2	6	4832	4837	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	407454816
95	NC_018620	TGG	2	6	4910	4915	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	407454816
96	NC_018620	AAG	2	6	5009	5014	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	407454816
97	NC_018620	AGA	2	6	5112	5117	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	407454816
98	NC_018620	TTA	2	6	5132	5137	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407454816
99	NC_018620	CAA	2	6	5220	5225	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	407454816
100	NC_018620	GAAA	2	8	5255	5262	75 %	0 %	25 %	0 %	407454816
101	NC_018620	T	7	7	5457	5463	0 %	100 %	0 %	0 %	407454817
102	NC_018620	AGA	2	6	5520	5525	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	407454817
103	NC_018620	CGAG	2	8	5526	5533	25 %	0 %	50 %	25 %	407454817
104	NC_018620	TGG	2	6	5586	5591	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	407454817
105	NC_018620	TAT	2	6	5621	5626	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407454817
106	NC_018620	GTT	2	6	5667	5672	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	407454817
107	NC_018620	CAA	2	6	5683	5688	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	407454817
108	NC_018620	GAT	2	6	5710	5715	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407454817
109	NC_018620	TGT	2	6	5730	5735	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	407454817
110	NC_018620	GGA	2	6	5752	5757	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	407454817
111	NC_018620	T	6	6	5786	5791	0 %	100 %	0 %	0 %	407454817
112	NC_018620	CAA	2	6	5863	5868	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	407454817
113	NC_018620	TGA	2	6	5925	5930	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407454817
114	NC_018620	GAT	2	6	5931	5936	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407454817
115	NC_018620	TGT	3	9	5983	5991	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	407454817
116	NC_018620	TGA	2	6	6047	6052	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407454817
117	NC_018620	GCT	2	6	6063	6068	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	407454817
118	NC_018620	T	7	7	6072	6078	0 %	100 %	0 %	0 %	407454817
119	NC_018620	AC	3	6	6153	6158	50 %	0 %	0 %	50 %	407454817
120	NC_018620	TGC	2	6	6222	6227	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	407454817
121	NC_018620	TGA	2	6	6243	6248	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407454817
122	NC_018620	GAA	2	6	6274	6279	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	407454817
123	NC_018620	A	6	6	6278	6283	100 %	0 %	0 %	0 %	407454817
124	NC_018620	GAG	2	6	6287	6292	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	407454817
125	NC_018620	TTC	2	6	6297	6302	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	407454817
126	NC_018620	CCT	2	6	6304	6309	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	407454817
127	NC_018620	CTT	2	6	6350	6355	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	407454817
128	NC_018620	GTT	2	6	6392	6397	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	407454817
129	NC_018620	CT	3	6	6469	6474	0 %	50 %	0 %	50 %	407454817
130	NC_018620	T	6	6	6484	6489	0 %	100 %	0 %	0 %	407454817
131	NC_018620	ACA	2	6	6550	6555	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	407454817
132	NC_018620	ATA	2	6	6590	6595	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	407454817
133	NC_018620	CAA	2	6	6634	6639	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	407454817
134	NC_018620	T	6	6	6676	6681	0 %	100 %	0 %	0 %	407454818
135	NC_018620	TAAT	2	8	6732	6739	50 %	50 %	0 %	0 %	407454818
136	NC_018620	TGTTT	2	10	6761	6770	0 %	80 %	20 %	0 %	407454818
137	NC_018620	GA	3	6	6893	6898	50 %	0 %	50 %	0 %	407454819
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399	NC_018620	CAA	2	6	19700	19705	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	407454830
400	NC_018620	CGT	2	6	19801	19806	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	407454830
401	NC_018620	TGC	2	6	19839	19844	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	407454830
402	NC_018620	GTT	2	6	19877	19882	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	407454830
403	NC_018620	GCCTA	2	10	19904	19913	20 %	20 %	20 %	40 %	407454830
404	NC_018620	A	7	7	19968	19974	100 %	0 %	0 %	0 %	407454830
405	NC_018620	GTT	2	6	20026	20031	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	407454830
406	NC_018620	TAC	2	6	20085	20090	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	407454830
407	NC_018620	AC	3	6	20114	20119	50 %	0 %	0 %	50 %	407454830
408	NC_018620	ATC	2	6	20136	20141	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	407454830
409	NC_018620	GCT	2	6	20158	20163	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	407454830
410	NC_018620	T	6	6	20163	20168	0 %	100 %	0 %	0 %	407454830
411	NC_018620	T	6	6	20193	20198	0 %	100 %	0 %	0 %	407454830
412	NC_018620	AGA	2	6	20226	20231	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	407454830
413	NC_018620	A	6	6	20430	20435	100 %	0 %	0 %	0 %	407454831
414	NC_018620	TGGT	2	8	20448	20455	0 %	50 %	50 %	0 %	407454831
415	NC_018620	AGT	2	6	20474	20479	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407454831
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418	NC_018620	GAG	3	9	20602	20610	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	407454831
419	NC_018620	CCT	2	6	20673	20678	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	407454831
420	NC_018620	GCA	2	6	20790	20795	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	407454831
421	NC_018620	TTC	2	6	20909	20914	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	407454831
422	NC_018620	GTA	2	6	20920	20925	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407454831
423	NC_018620	GCA	2	6	20979	20984	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	407454831
424	NC_018620	ATT	2	6	21018	21023	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407454831
425	NC_018620	A	6	6	21054	21059	100 %	0 %	0 %	0 %	407454831
426	NC_018620	GTT	2	6	21072	21077	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	407454831
427	NC_018620	TAAA	2	8	21088	21095	75 %	25 %	0 %	0 %	407454831
428	NC_018620	AGTGT	2	10	21118	21127	20 %	40 %	40 %	0 %	407454831
429	NC_018620	TC	3	6	21145	21150	0 %	50 %	0 %	50 %	407454831
430	NC_018620	TAG	2	6	21235	21240	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407454831
431	NC_018620	TAA	2	6	21307	21312	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	407454831
432	NC_018620	CAA	2	6	21334	21339	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	407454831
433	NC_018620	GGA	2	6	21375	21380	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	407454831
434	NC_018620	AAG	2	6	21541	21546	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	407454831
435	NC_018620	CTT	2	6	21574	21579	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	407454831
436	NC_018620	TATG	2	8	21587	21594	25 %	50 %	25 %	0 %	407454831
437	NC_018620	TTA	2	6	21816	21821	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407454832
438	NC_018620	GCA	2	6	21902	21907	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	407454832
439	NC_018620	GAC	2	6	21987	21992	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	407454832
440	NC_018620	T	6	6	22031	22036	0 %	100 %	0 %	0 %	407454832
441	NC_018620	TGA	2	6	22084	22089	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407454832
442	NC_018620	CGA	2	6	22104	22109	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	407454832
443	NC_018620	CAA	2	6	22134	22139	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	407454832
444	NC_018620	ACA	2	6	22165	22170	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	407454832
445	NC_018620	GCA	2	6	22232	22237	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	407454832
446	NC_018620	ATT	2	6	22271	22276	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407454832
447	NC_018620	CAAT	2	8	22281	22288	50 %	25 %	0 %	25 %	407454832
448	NC_018620	G	6	6	22295	22300	0 %	0 %	100 %	0 %	407454832
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450	NC_018620	GCT	2	6	22370	22375	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	407454832
451	NC_018620	GCT	2	6	22397	22402	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	407454832
452	NC_018620	GA	3	6	22446	22451	50 %	0 %	50 %	0 %	407454832
453	NC_018620	AGA	2	6	22498	22503	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	407454832
454	NC_018620	TCAAGC	2	12	22573	22584	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	407454832
455	NC_018620	ATA	2	6	22622	22627	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	407454832
456	NC_018620	GCT	2	6	22691	22696	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	407454832
457	NC_018620	AGAA	2	8	22698	22705	75 %	0 %	25 %	0 %	407454832
458	NC_018620	CAA	2	6	22706	22711	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	407454832
459	NC_018620	GCG	2	6	22718	22723	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	407454832
460	NC_018620	A	6	6	22731	22736	100 %	0 %	0 %	0 %	407454832
461	NC_018620	GTG	4	12	22746	22757	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	407454832
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464	NC_018620	ATC	2	6	22880	22885	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	407454832
465	NC_018620	TGAT	2	8	22905	22912	25 %	50 %	25 %	0 %	407454832
466	NC_018620	AGA	2	6	22951	22956	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	407454832
467	NC_018620	AAC	2	6	22981	22986	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	407454832
468	NC_018620	ACA	2	6	23015	23020	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	407454832
469	NC_018620	ACA	2	6	23035	23040	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	407454832
470	NC_018620	AAG	2	6	23049	23054	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	407454832
471	NC_018620	AAG	2	6	23076	23081	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	407454832
472	NC_018620	AAC	2	6	23107	23112	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	407454832
473	NC_018620	GGT	2	6	23159	23164	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	407454832
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475	NC_018620	ATG	2	6	23265	23270	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407454832
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477	NC_018620	GCT	2	6	23288	23293	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	407454832
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483	NC_018620	T	6	6	24219	24224	0 %	100 %	0 %	0 %	407454833
484	NC_018620	TTG	2	6	24351	24356	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	407454833
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489	NC_018620	TC	3	6	24509	24514	0 %	50 %	0 %	50 %	407454833
490	NC_018620	CTT	2	6	24515	24520	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	407454833
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493	NC_018620	GCA	2	6	24610	24615	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	407454833
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495	NC_018620	AATT	2	8	24626	24633	50 %	50 %	0 %	0 %	407454833
496	NC_018620	ATAA	2	8	24693	24700	75 %	25 %	0 %	0 %	407454833
497	NC_018620	T	8	8	24795	24802	0 %	100 %	0 %	0 %	407454833
498	NC_018620	TGT	2	6	24817	24822	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	407454833
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